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除菌過濾是制藥生產工藝中的重要環節，需要借助設備來完成。其中除菌過濾器是一種安裝在真空泵前端的設備，主要目的是簡單的初級過濾細菌、病菌、真菌等，防止各路“氣體”發生交叉感染。
 
在選擇除菌過濾器之前，用戶需要了解并掌握設備的相關問題，比如設備的使用壓力、使用溫度、濾芯材質的選擇、消毒問題等。
 
就使用壓力而言，壓力的高低取決于膜的強度、濾芯的結構、濾芯使用的材質、幾何圖形、過濾介質的溫度等因素。技術人員表示，一般情況下，除菌過濾器的使用壓力上限為0.2-0.3Mpa。濾芯使用時，開始壓力差宜在0.02 Mpa左右，這樣過濾產生的濾餅層較為稀疏，過濾過程中，壓力降上升較為緩慢，有利于延長濾芯的使用壽命。
 
使用溫度一般取決于濾膜的材質，即濾膜的耐熱性和過濾介質對濾膜的侵蝕性，CN-CA膜長期使用溫度為50℃，尼龍-6膜為60℃，PVDF膜為80℃。
 
濾芯材質的選擇需要根據不同溶劑區別對待。相對而言，單一溶劑的濾芯材質選擇是簡單的，而多組分溶劑在選擇膜材料及濾芯時則要謹慎，可通過溶解度參數法粗選，然后再通過實驗法認證。
 
另外，就濾芯器消毒問題而言，消毒是一個日常操作工序，濾芯常見的消毒方式包括蒸汽、熱水和化學劑消毒三種。其中，蒸汽消毒需要注意選擇飽和蒸汽，一則是可以可靠殺死細菌，二則是可通過控制壓力來調節溫度。蒸汽消毒對于疏水濾芯來說相對簡單，但對親水濾芯特別是膜材料能問不高的濾芯來說，操作方法至關重要。
 
除了了解除菌過濾器上述的問題以來，用戶在選擇除菌過濾器供應商時也需要謹慎。除菌過濾指南中提到，“藥品生產企業在選擇除菌過濾器供應商時，應審核供應商提供的驗證文件和質量證書，確保選擇的過濾器是除菌級過濾器。藥品生產企業應將除菌過濾器廠家作為供應商進行管理，例如進行文件審計或工廠現場審計、質量協議和產品變更控制協議的簽訂等。”
 
因此，為了控制生產風險，用戶需要對除菌過濾器供應商進行風險評估，根據評估的結果來決定供應商的管理策略。另外，還需要對除菌過濾器的供應商進行科學合理的管理，以保障藥品生產質量和安全。
 
技術人員還特別提醒，用戶在使用設備的過程中需要注意操作方式和設備的環境控制，因除菌過濾器生產中原料的控制和環境的控制都會影響過濾器的質量。
 
例如，在膜生產或者過濾器裝置生產中，水質如果沒有良好控制可能會影響過濾器的性能。另外，過濾器生產環境中的潔凈度如顆粒、粉塵以及不同原料的交叉污染等，如果不能有效控制，也都會影響到過濾器成品的潔凈度，并對產品料液造成污染。