如何選擇、確定合適的廠址，就已經奠定了高質量生產環境的基石。投資時除了對廠址的地理位置、大小、開發、擴建等方面提出了嚴格的標準和要求以外，還要從流程設備生產廠家的角度對超凈室建造的價格結構方面進行評估，滿足一系列的附加要求。
首先是要求有足夠高的空間，地面和屋頂要有足夠的承載能力。而多數情況下，工業生產廠房往往都是租來的，或者購買來的，它們的屋頂沒有經過特殊設計，往往沒有足夠的承載能力，支撐不了超凈室屋頂的沉重壓力。這樣導致的結果是，可能要在車間屋頂的結構改造方面投入相當大的一筆附加開支，改建鋼架結構的車間屋頂，使車間的頂棚有足夠的承載能力。這里的問題不只是采購鋼架鋼材所支付的費用，而且還推遲了原本預定的生產啟動計劃。
另一個問題是地面的性能狀況(殘留物或者殘留潮氣)，包括足夠的電氣連接設備、現有通訊設施、超凈室儀器設備的安裝使用可能性、防火設施和車間廠房的位置及車間布局，例如：理想的、沒有支柱的車間廠房。
設計的原則
經過一系列的考量之后，終于找到了理想的建廠地址。這時，首先要做的就是生產方案的規劃設計和落實超凈室生產廠家提出的要求。此時，第一條需要遵守的原則是“從內向外的規劃設計”，即廠房空間和技術要服從最佳生產過程的要求，而不是與之相反。這聽起來非常簡單，但在實際工作中卻經常出錯。
為了保障用戶(項目、生產、物流和質量管理負責人)與廠房建筑規劃設計者之間的密切合作，雙方的協調統一是必不可少的先決條件。在這一階段中，超凈室設備生產廠家能夠發揮重要的作用，因為他在超凈室技術方面有著豐富的經驗，能夠提供有價值的、不同尋常的建議和意見。最好是雙方能夠結成合作伙伴，把眾多生產廠家的規劃設計經驗和實施經驗融合在一起付諸實踐。
接納專業設計師的意見
在拿到藥品生產規劃、物流運輸方案和超凈室方案之后，還要編制一份設計任務書，明確各方面的職責和任務;然后才開始施工設計，進入招標階段。此時，投資者就要選擇能夠貫徹落實這些規劃設想的投標人。而多數投資人的失敗都是緣于投標人的設計任務書和投標人在現有車間廠房基礎上所做的宣傳廣告。投資人所得到的投標人報價幾乎沒有與上述各項進行比較。不過，要讓用戶對報價方案進行準確地評估也的確是難度過高的要求了。
此時，適當地聘用一位專業設計師，或者把規劃設計與超凈室設備制造組合在一起進行車間廠房的改造設計是值得推薦的做法。一份技術要求詳細、內容豐富的工程計劃具有易于實施的優點，但同時也有著費用較高、設計時間較長的缺點。因此，在實踐中越來越多被使用的是另外一種替代方案：由企業設計一份與車間使用、超凈室有關的功能說明書。這份功能說明書中的主要部分應為：
有關材料流和人員的方案;
空間布局和超凈室區域;
超凈室室內設備編目(超凈室等級、空調和建筑技術的要求);
任務清單(URS);
調節系統和設備系統;
建筑物之間相互關系的接口描述、期望的質量等級和力求達到的能源利用率。
這種變型方案的優點是：時間短、費用低，同時也能保證達到很好的效果。這里需要注意的是，只有獨立于生產廠家和用戶企業的工程設計才能夠實現這一目標。
選擇施工單位的標準
在此后選擇建筑施工單位時，同樣也有許多問題必須考慮：
投標人的資質(企業規模、信譽度、成功案例、能力);
投標人的技術能力;
創造性和創新能力，節能方案;
最后，就是價格。
在價格方面，建議不要只考慮投資費用的高低;相反要從總成本費用的角度來考慮問題。這里的總成本費用包括：能源費用、建筑和設備的維修費用、日常維護費用以及建筑方的效率。換句話說：低廉的報價也能夠在超凈室的整個使用壽命周期內帶來更高昂費用支出。
小結
以上提出的建議并不與完整性要求相互矛盾，但卻告訴人們怎樣才能又快、又省地找到一個合適的解決方案，同時也能夠可靠地保證超凈室建設項目的貫徹落實，避免出現錯誤。
