我國西成藥、醫院的診斷治療設備等高附加值產品出口增幅明顯高于原料類產品，在出口總額中的比重大大增加，但我國醫藥外貿行業轉型升級仍面臨諸多挑戰。
現在部分制藥裝備企業步入競相壓價銷售的誤區，出現了零首付、使用后再付、低于成本價銷售等情況，產品利潤低導致企業資金周轉困難，更無力投入技術開發與創新，對企業、行業的技術進步健康發展不利，一些企業為了降低成本，偷工減料，低檔配置，出現了不能確保整機質量和售后服務差等弊端，降低了我國制藥裝備的國際信譽。
此外，由于相當多的制藥裝備生產企業不具備試驗條件，尋找最佳工藝路線與高效的困難多，難度大，使得部分制藥裝備的先進性潛能不能即時有效地發揮。
所幸的是，在渡海淘金的過程中，盡管面對重重困難，一些原料藥企業逐漸樹立起自身品牌，所生產的原料藥質量和價格亦逐步得到國際市場認可。
華海藥業、海正藥業、海翔藥業等可謂當中的佼佼者。公開資料顯示，僅以海正為例，公司目前有40多個品種通過FDA、歐盟EDQM、澳大利亞TGA、韓國KFDA等認證，超過10個品種22個規格的制劑產品實現出口。據悉，海正藥業80%以上的原料藥產品銷往30多個國家，特別是在歐美地區擁有領先的市場份額。
由于我國制藥行業處在轉型升級時期，藥品質量的提高及新型藥物制劑的發展，對新型藥用輔料的需求將大幅增長。目前，國家有關部門已將越來越重視藥用輔料行業的發展。在工信部發布的醫藥工業“十二五”規劃中，“加強新型藥用輔料的開發”被作為當前的主要任務和重點發展領域。
專家指出，“GMP”認證后，國內制藥企業數量雖然減少，但素質、生產能力和水平、產品質量都有很大提高，對制藥機械的要求也隨之提高。盡管轉型升級面臨諸多挑戰，眾多醫藥企業仍需要堅持不懈努力。要通過提高質量標準，給跨國制藥公司做供應商，不斷提升產品的質量和口碑，與此同時，要在歐美等市場建設銷售隊伍，在原料藥之后，慢慢拓寬國際大舞臺。
